Фамилия Кисимова образована от мужского прозвища или имени Кисим. По словообразовательной модели это типичная русская фамилия на -ов, указывающая на принадлежность: Кисимова — «дочь (или жена) Кисима». В основе лежит личное прозвище, которое могло возникнуть от глагола «кисить» — в некоторых говорах это означало «киснуть, бродить» или «делать кислым». Возможно, прозвище дали человеку с кислым, недовольным выражением лица либо тому, кто занимался квашением или приготовлением кислых продуктов — например, кваса или капусты.

Есть и другая версия: корень «кис-» мог относиться к слову «кислый» в переносном смысле — так называли вялого, медлительного или скучного человека. В славянской ономастике прозвища по характеру или поведению — один из частых источников фамилий, наряду с профессиями и именами.

Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Кисимова, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). В случае с Кисимовой основа не является каноническим церковным именем — скорее, это мирское прозвище, которое закрепилось в быту и затем перешло в фамилию.

Суффикс -ов типичен для русского фамильного образования и указывает на патроним (отчество) или матроним. Женская форма Кисимова говорит о том, что носительница — женщина; мужской вариант фамилии — Кисимов. Такая фамилия могла появиться в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были особенно распространены до введения обязательных фамилий в XIX веке.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Вероятнее всего, предки носителей фамилии жили в одном из регионов центральной России или Поволжья, где говоры сохраняли слово «кисить». Более точную географию можно установить по архивным записям, но массового распространения фамилия не получила — это редкий ономастический случай, сохранивший бытовое прозвище в неизменной форме.