Фамилия Кисимес — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не крестильное имя, а иноязычное слово, которое почти не изменилось при переносе в русскую среду. В отличие от большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов, -ин или -ский, Кисимес стоит особняком: это чистая основа без суффикса, что выдает её позднее происхождение и нерусские корни.

Скорее всего, фамилия восходит к греческому κύσιμος (kysimos) — «бобовое растение», «боб». В греческих говорах это слово могло обозначать и конкретный вид бобов, и прозвище человека, который их выращивал или торговал ими. Версия правдоподобна: греческое население издавна жило на юге России (Приазовье, Крым, Новороссия), а также в Закавказье. Многие греки получали паспорта в XIX веке, и фамилии записывали на слух, сохраняя исходное звучание. Других убедительных этимологий нет: тюркские языки дают похожие по звуку, но не по смыслу корни (например, «киси» — «маленький»), а славянских параллелей у «Кисимес» не обнаруживается.

Суффиксальное оформление фамилии отсутствует — это так называемая «застывшая» форма. В русской ономастике такие фамилии встречаются редко и обычно среди поздних переселенцев (греков, болгар, сербов). Если бы фамилия адаптировалась по русскому образцу, мы бы имели Кисимесов или Кисимесин, но этого не произошло: носители сохранили исходный вариант, что указывает на относительно недавнюю (в историческом смысле) миграцию или на компактное проживание в среде, где греческий язык оставался бытовым.

По сословной принадлежности сказать определённо трудно. Среди греческих колонистов были и крестьяне-земледельцы, и мелкие торговцы. Фамилия «бобовый» могла принадлежать человеку, который специализировался на этой культуре, но не обязательно низкого достатка: в Греции бобовые были основой рациона, и торговля ими считалась обычным, а не унизительным занятием.

Географически фамилия тяготеет к югу бывшей Российской империи: её фиксировали в Мариупольском уезде, в Таганроге, в греческих сёлах Донецкой области. В центральной России Кисимес практически не встречается — это верный признак того, что фамилия не славянская и не прошла через московскую приказную систему.

Если вкратце: Кисимес — греческая по происхождению фамилия, означающая «боб» или «бобовое растение». Она не получила русского суффиксального оформления, что говорит о позднем закреплении и сохранении исходной формы. Предки носителей — скорее всего, греческие крестьяне или торговцы из Приазовья.