Фамилия Кискаева — женская форма, а мужская — Кискаев. Она довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, скорее всего, с башкирским или татарским. Основа фамилии — прозвище или некалендарное имя Кискай. В тюркских языках слово «киске» или «кискен» означает «резкий», «отрывистый», «острый». Имя Кискай могли дать человеку с резким, решительным характером, либо тому, кто говорил отрывисто и прямо, без обиняков. В некоторых диалектах «киске» также может относиться к острому предмету или даже к определённому типу ножа — тогда прозвище могло закрепиться за мастером-ремесленником, например, за кузнецом или оружейником.

Модель образования фамилии простая и типичная для восточных регионов России: к основе Кискай добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после шипящих и мягких согласных в тюркских заимствованиях). Таким образом, Кискаев буквально означает «сын Киская». Фамилия не дворянская и не старинная боярская — она относится к поздним, часто крестьянским или мещанским фамилиям, которые массово фиксировались после отмены крепостного права в XIX веке.

Географически фамилия Кискаева встречается преимущественно на Южном Урале, в Оренбургской области, Башкортостане и соседних регионах. Это подтверждает её башкиро-татарские корни. Встречается она и у казахов, но реже. В русских говорах фамилия не имеет корней — это однозначно тюркское наследие, адаптированное русской письменностью. Сходные по звучанию фамилии — Кисканов, Кискин, Кискаров — имеют ту же основу, но разные суффиксы и могут указывать на другие ветви одного рода или разные диалектные формы.

Спорных версий у этой фамилии почти нет: попытки связать её с русским словом «киска» (кошка) лингвистически несостоятельны — суффикс -аев нехарактерен для русских прозвищ от животных, да и смысл такого прозвища был бы неясен. Так что наиболее правдоподобная версия — тюркское имя-прозвище с характеристикой «резкий» или «острый», которое через поколения стало фамилией.