Фамилия Кискаев звучит необычно, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она образована от прозвища или имени, которое в русском языке встречается редко. Разберём её по косточкам.

Основа фамилии — «Кискай». Суффикс «-ев» указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Кискаев», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Кискай. Само слово «Кискай» (или «Киска») в русских говорах могло иметь два основных значения. Первое — ласкательное или уменьшительное от слова «киска» (кошка). Второе, более вероятное для фамилии, — диалектное. В некоторых южнорусских и украинских говорах «киска» означала не только кошку, но и пучок, кисть, например, кисть винограда или связку чего-либо. Прозвище Кискай могли дать человеку за какую-то особенность внешности (например, за пушистые волосы или бороду) или за манеру собирать, вязать что-то в пучки.

Однако есть и другая, более глубокая версия. Фамилия могла возникнуть не от славянского корня, а от тюркского или кавказского имени. В тюркских языках есть корень «кис-» (резать, укорачивать) или «киска» (короткий). Так, в татарском и башкирском языках слово «кеске» или «киска» означает «короткий». Прозвище Кискай могло означать «коротышка» или «невысокий человек». Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Кискаев встречается в регионах с тюркским населением — в Поволжье, на Урале, в Башкортостане. В пользу тюркского происхождения говорит и характерный суффикс «-ай» (как в именах Булатай, Каратай), который часто образовывал прозвища.

Таким образом, самый правдоподобный путь: прозвище Кискай (от тюркского «короткий» или от русского «киска» в значении «пучок») → патроним Кискаев → фамилия. В любом случае, предки носителя этой фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище по внешнему признаку или роду занятий. Фамилия редкая, недворянская, что типично для поздних русских фамилий, оформившихся в XVIII–XIX веках.