Фамилия Кисканин — редкая и неочевидная с первого взгляда. Её основа, суффикс и возможные корни заставляют задуматься, а не скрывается ли за ней прозвище, профессия или искажённое имя.

Словообразовательная модель указывает на типичный русский патронимический суффикс -ин. Это значит, что фамилия образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я. В данном случае — от слова «киска» или «кискан». Но что это за основа?

Самая прямая версия — от слова «киска» в значении «кошка» (ласкательное). Прозвище Киска могли дать человеку мягкому, ласковому, или же, наоборот, тому, кто любил кошек, имел кошачьи повадки. В русских говорах слово «киска» могло означать не только животное, но и, например, небольшой мешочек или кошелёк (от тюркского «кисе» — кошель). В таком случае прозвище относилось бы к торговцу или человеку, носившему при себе кошель. Фамилия Кисканин — «сын Кискана» или «человек из рода Киски». Суффикс -ан- в основе (Кискан) мог быть либо уменьшительно-ласкательным (как в «братан», «мальчуган»), либо указывать на принадлежность к чему-то: Кискан — «относящийся к киске».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «кискан» означает «завистливый» или «скупой». Прозвище с таким значением могли дать человеку с соответствующим характером. Однако для исконно русской фамилии это скорее исключение, чем правило, и такая версия требует подтверждения конкретным регионом бытования (например, Поволжье или Сибирь, где сильны тюркские влияния).

Географически фамилия Кисканин встречается крайне редко. В дореволюционных переписях и современных базах данных она почти не фиксируется, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от единственного рода в одном селе или деревне. Сословно носители могли быть крестьянами или мещанами, так как фамилии с уменьшительными суффиксами часто возникали в среде простого народа.

Таким образом, с большой долей вероятности, предок современного Кисканина получил прозвище Киска (или Кискан) за связь с кошками или за ношение кошеля, а его потомки закрепили это прозвище как фамилию. Точное значение может прояснить только детальное изучение местных говоров и архивов той местности, где фамилия впервые появилась.