Фамилия Кискин входит в заметную группу русских «кошачьих» фамилий, куда также относят Кошкиных, Котовых и Рыжовых. Её основа — прозвище Киска, которое в народной среде имело несколько значений. Чаще всего так называли человека себе на уме, хитрого и расчётливого, который действовал скрытно и мягко, по-кошачьи. Реже прозвище давали за ласковый нрав или, наоборот, за внешнюю привлекательность — «симпатичный как киска».

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть «сын Киски» или «из семьи Киски». Это типичная патронимическая модель, которая закрепилась в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов в южных регионах.

Написание фамилии через «и» в корне — исторически сложившееся. В дореволюционных документах можно встретить варианты Кискинъ или Киськин, что связано с диалектным произношением мягкого «с». В некоторых говорах слово «киска» звучало как «киська», и это отражалось на письме.

Фамилия не имеет отношения к уменьшительной форме женского имени Кира или к слову «кисть» — это народное прозвище, а не церковное или книжное имя. В ономастических справочниках, например у Б. Унбегауна, такие фамилии разбираются в разделе прозвищ от названий животных, где «кошачьи» прозвища занимают особое место из-за двойственной оценки: кошка в русском фольклоре — и хитрый зверь, и хранитель дома.

Точную географию фамилии Кискин восстановить сложно: она не входит в число массовых, но встречается в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний. В этих краях прозвища на -ка (Киска, Мишка, Серёжка) легко переходили в фамилии на -ин, закрепляясь за целыми семьями.