Фамилия Кыскин по своему происхождению — типичный пример «тюркского следа» в русских фамилиях. Она образована от прозвища Кыска с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Кыски». Такой способ словообразования характерен для фамилий, возникших в среде служилых людей и крестьян, нередко контактировавших с тюркоязычным населением.

Основа прозвища восходит к татарскому слову «кыска» — «короткий», «краткий». Однако в быту это слово могло характеризовать человека с двух совершенно разных сторон. Первая версия — по характеру: Кыской в XVI–XVII веках могли называть человека сдержанного, немногословного, умеющего говорить лаконично и по делу. Вторая версия — по внешности: прозвище легко давали невысокому ростом человеку, для которого «короткость» была главной приметой.

Обе гипотезы равноправны, и выбрать одну из них без дополнительных документов (например, писцовых книг или ревизских сказок) невозможно. Важно и другое: в татарском языке у слова «кыска» есть и переносное значение — «ограниченный», «скудный», но для прозвища оно менее вероятно: прозвища редко строятся на откровенно негативной характеристике.

Фамилия Кыскин — довольно редкая. Она не встречается в старинных боярских списках и не фиксируется в словаре Б. Унбегауна среди массовых фамилий. Её география, скорее всего, связана с регионами Поволжья и Приуралья, где русское население веками соседствовало с татарами и башкирами. Встречается она и у крещёных татар, что делает её примером фамилии, которая могла возникнуть как в русской, так и в тюркской среде, но по русской модели.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Коротков, Краткий — показывает разницу в происхождении: Коротков — чисто русская фамилия от славянского прилагательного, а Кыскин сохранила иноязычный корень, который в русском языке не осмысляется без перевода. Это и есть её главная особенность: она не просто описывает человека, а хранит память о контакте двух языков и культур.