Фамилия Кыскина образована от прозвища Кыска, а то, в свою очередь, восходит к татарскому слову «кыска» — «короткий», «краткий, лаконичный». В основе прозвища — либо внешняя примета (невысокий рост), либо черта характера: немногословность, умение говорить по делу, не тратить время на пустые разговоры. Слово «кыска» встречается и в других тюркских языках, и везде сохраняет то же значение — «короткий», так что версия устойчивая и правдоподобная.

Словообразовательная модель простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин присоединяется к основе прозвища, оканчивающейся на -а. Так из «Кыска» получили «Кыскин», а женская форма — «Кыскина». Фамилия редкая, с ярко выраженным тюркским корнем, что указывает на возможные корни носителей в регионах с татарским или башкирским влиянием — Поволжье, Приуралье. Встречается она и в удмуртской среде, где слово «кыска» тоже могло закрепиться как прозвище.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Кыскина напрямую связана с бытовой характеристикой человека. Прозвище Кыска могли дать не в официальных документах, а в деревенском обиходе, и только потом оно закрепилось как фамильное имя.