Фамилия Кискина — одна из тех, что построены по самой распространённой в русской ономастике модели: основа + суффикс -ин. Суффикс этот указывает на принадлежность: Кискина буквально значит «дочь или жена Киски». В мужском варианте фамилия звучала бы как Кискин, но женская форма закрепилась в документах, если речь идёт о женщине — носительнице фамилии.

Основа фамилии — прозвище Киска. В старину так могли назвать человека не столько за внешнее сходство с кошкой, сколько за поведение: хитрого, льстивого, умеющего подольститься и «мурлыкать» в нужный момент. В народной речи глагол «кискаться» означал ласкаться, заискивать. Поэтому прозвище Киска часто давали не ребёнку, а взрослому — тому, кто «себе на уме» и добивается своего обходительностью.

Фамилия Кискина входит в обширную группу «кошачьих» фамилий: Котов, Кошкин, Котяев, Котенков и более редких Кисуров, Кисляков. Но если Котовы и Кошкины встречаются повсеместно, то Кискины — фамилия заметно более редкая, сконцентрированная преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях по данным переписей XIX века. Там прозвища от названий животных и птиц бытовали особенно активно.

В говорах Русского Севера слово «киска» имело и дополнительное значение — так иногда называли молодую незамужнюю женщину, кокетливую и бойкую. Если прозвище получила девушка или женщина, фамилия могла закрепиться за её детьми уже в женской форме. Это редкий, но возможный сценарий: не от отца, а от матери-«киски» пошла фамилия.

Встречается и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от уменьшительной формы крестильного имени Кир (Кирилл) — Киса, Киска. Однако в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) такой вариант для «Кискина» не приводится, а прозвищная версия считается основной.