Фамилия Киска — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не требует расшифровки: «киска» — ласковое название кошки. В древнерусском языке слово «кыска» фиксируется в значении «кошка», и уменьшительная форма с суффиксом -к- могла стать прозвищем для человека с мягким, ласковым нравом, за что его и прозвали Кисой или Киской. Такие прозвища по животным были широко распространены: они не обязательно указывали на внешнее сходство, чаще — на характер или повадки.

Фамилия образована по продуктивной модели: основа «Киск-» + суффикс -а, который в русских фамилиях чаще встречается в южнорусских и украинских землях. В отличие от фамилий на -ов/-ин, форма Киска могла закрепиться без дополнительного патронимического суффикса — это так называемая «нетрансформированная» фамилия, когда прозвище перешло в фамилию напрямую. Подобные случаи (Сорока, Ворона, Лиса) характерны для казачьих и крестьянских родов, где прозвище не успело обрасти суффиксом, либо было зафиксировано в документах в исходном виде.

Любопытно, что фамилия Киска встречается не только у русских, но и у поляков (Kiska) и украинцев. В польском языке «kiska» может означать «кисть» или «гроздь», что даёт альтернативную, хотя и менее вероятную, версию: прозвище могли дать человеку, собиравшему кисти винограда или ягод. Однако для русской ономастики «кошачья» версия остаётся основной и наиболее естественной.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в центральных губерниях — Тульской, Рязанской, а также в Малороссии. Распространённость её всегда была невысокой, что делает её характерным примером «прозвищной» фамилии, не затронутой массовыми переименованиями или книжными нормами. Носители фамилии Киска, скорее всего, происходят из среды крестьян или мещан, где прозвища закреплялись за одним родом и передавались по наследству без изменений.