Фамилия Кискеева — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной расшифровке с первого взгляда. На слух она напоминает финно-угорские или тюркские фамилии, но на поверку оказывается, что её корень — чисто русский, просто сильно искажённый диалектным произношением.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Кискей. Оно могло возникнуть от глагола «кискать» — в некоторых северных и сибирских говорах так говорили про кошку, которая мяукает, просит есть, или про человека, который ноет, канючит. То есть Кискей — это либо плакса, либо назойливый попрошайка. Другая версия, менее вероятная, выводит прозвище из тюркского «кискен» (отрезанный, короткий), но для фамилии с суффиксом -еев, характерным для русских фамилий на -ей, первая версия органичнее.

Суффикс -еев указывает на принадлежность: Кискеев — сын Кискея. Такая модель (основа на -ей + -ев) встречается у фамилий вроде Андреев, Матвеев, но с прозвищной основой она встречается реже, что и делает Кискееву нестандартной. Фамилия явно не дворянская и не семинарская — это крестьянское или мещанское прозвание, закрепившееся в документах.

Географически фамилия привязана к Поволжью и Приуралью, особенно к Мордовии и соседним областям. Там на стыке русских и финно-угорских говоров подобные «кошачьи» прозвища были в ходу, а фамилия могла попасть в метрики как Кискин, но под влиянием местного аканья или особенностей письма превратилась в Кискеев. Встречается и вариант Кискин — он образован от той же основы, но по другой модели, и более распространён.

Таким образом, предок носителя фамилии Кискеева, скорее всего, был человеком с заметной чертой характера — капризным или надоедливым, за что и получил прозвище Кискей. Фамилия сохранила эту живую диалектную черту, которая сегодня без специального словаря уже не читается.