Фамилия Кисляченко образована по очень продуктивной восточнославянской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской и южнорусской ономастике означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Кисляченко — буквально «сын Кисляка» или «потомок Кислого». Основа фамилии — прозвище Кисляк, которое, в свою очередь, происходит от прилагательного «кислый».

Прозвище Кислый на Руси было распространено и могло иметь несколько значений. Самое прямое — человек, который любит кислую пищу, либо тот, кто её производит: например, квасник или пивовар. Однако в народной речи «кислым» называли также человека с кислым, угрюмым выражением лица, брюзгу. В некоторых диалектах «кисляком» именовали вялого, медлительного человека. Встречается фамилия Кисляченко преимущественно в среде украинского казачества и крестьянства Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Сумщина), откуда она впоследствии распространилась на юг России и в Сибирь.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность конкретному отцу (Иванов — сын Ивана), модель на -енко была более гибкой и могла обозначать не только прямого сына, но и младшего члена рода, ученика или подмастерья. Таким образом, первый носитель фамилии Кисляченко мог быть не обязательно сыном Кисляка, но и, например, его младшим родственником или работником. В реестрах Запорожского войска XVII-XVIII веков встречаются казаки с прозвищами Кислый и Кисляк, что подтверждает древность и социальную основу этой фамилии — она бытовала в среде свободных, а не крепостных людей.

Словообразовательный анализ показывает, что фамилия Кисляченко стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Кисленко, Кисличенко, Кисляк. Все они восходят к одному корню, но разные суффиксы указывают на разные ветви одного рода или разные диалектные варианты. Фамилия Кисляченко — одна из самых распространённых среди «кислых» фамилий, что говорит о её древности и широкой географии бытования.