Фамилия Киссис — редкий пример того, как литовское слово легло в основу русского прозвища, а затем и фамилии. В её основе лежит литовский глагол kistis, что значит «соваться, вмешиваться». Таким прозвищем, скорее всего, награждали человека навязчивого или чрезмерно любопытного — того, кто постоянно лез в чужие дела и разговоры.

Прозвище Киссис прямо указывало на поведение и характер родоначальника. Со временем оно закрепилось как фамилия, причём без изменений — без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Такая «голая» форма (Киссис, а не Киссисов) говорит о том, что фамилия могла быть либо поздней, либо образованной в среде, где русская модель фамилеобразования не была обязательной. Например, в западных губерниях Российской империи, где смешивались славянские и балтийские языки.

Выпадение согласной «т» в корне (kistis вместо kistis?) — не ошибка, а результат исторических фонетических процессов. В литовском языке при заимствовании в русскую речь некоторые звуки могли редуцироваться или упрощаться, особенно в устной передаче. Поэтому исходная форма могла звучать иначе, но закрепилась именно как Киссис.

Фамилия очень редкая. Встречается преимущественно на северо-западе России и в странах Балтии, что подтверждает её литовские корни. Учитывая, что прозвище описывало скорее отрицательную черту, можно предположить: его давали не в официальных документах, а в быту, и закрепилось оно за одним конкретным родом, а не распространилось широко.