Фамилия Кисунько — яркий пример украинской модели образования фамилий, которая почти не встречается у других славянских народов. Её основа — прозвище Кисунь, а суффикс -ко (в украинской ономастике он может быть как уменьшительным, так и патронимическим, то есть указывающим на происхождение по отцу) закрепил это прозвище за потомками. С точки зрения словообразования, Кисунько — это то же самое, что и, скажем, Иванько или Грицько: сначала было личное имя или прозвище, а потом к нему добавили «сыновний» суффикс.

Корень здесь — кис-. Самая очевидная версия: прозвище Кисунь (или Кисун) дали человеку с кислым выражением лица, вечно недовольному или угрюмому. В русских и украинских говорах «кислый» могло означать не только вкус, но и характер. Однако есть и другая, более редкая версия. В некоторых южнорусских и украинских диалектах «кисунь» или «кисун» — это уменьшительное от «кис» (кошка). Прозвище могли дать за кошачьи повадки, мягкую походку или даже за любовь к этим животным. Эта версия менее распространена в литературе, но лингвистически вполне возможна.

Географически фамилия почти целиком украинская. По данным современных исследований, основная масса носителей Кисунько сосредоточена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Полтавской, Черкасской и Днепропетровской. В России фамилия встречается редко и, как правило, в семьях, имеющих украинские корни. Сословной привязки у неё нет: с таким окончанием фамилии могли получить и крестьяне, и казаки, и мещане.

Интересная деталь: ударение в фамилии почти всегда падает на последний слог — Кисунько́. Это характерно для украинских фамилий на -ко, которые в русской среде часто «обрусевают» и начинают произноситься с ударением на первый слог (Ки́сунько), но исконный вариант — именно на «о». В написании путаницы почти не бывает, так как фамилия не имеет вариантов с чередованием согласных или беглыми гласными (нет форм «Кисунька» или «Кисуньков»). Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего стоят Кисун, Кисунин и более редкая Кисунов — все они образованы от того же прозвища, но по разным моделям.