Фамилия Кисунин — яркий пример того, как в основе фамилии может лежать не имя, а прозвище, причём не самое очевидное. На первый взгляд кажется, что корень «кис» отсылает к чему-то кислому, прокисшему. Но в русской ономастике чаще срабатывает другая логика.

Большинство фамилий на -ин образованы от имён или прозвищ на -а/-я. В данном случае основа — Кисуня. Так в старых русских говорах могли называть не просто вялого или кислого человека. Слово «киса» (и его производные вроде «кисуня») в диалектах означало не только кошку, но и кошелёк, мешочек с деньгами, а также — в переносном смысле — скрягу, скупца, который «кису» (мошну) крепко держит. В словаре Даля «киса» — это и кисет, и кошелёк, и даже вид женской одежды. Таким образом, первый носитель прозвища Кисуня мог быть либо запасливым и прижимистым хозяином, либо, наоборот, человеком, который торговал кисетами или кожаными мешками.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с каноническим именем Кис (или Кисой), которое встречалось в святцах как сокращённая форма от греческого имени Иоаким (в народной форме Яким). В этом случае Кисунин — «сын Кисуни», где Кисуня — ласкательная форма от Кис. Однако в русской традиции уменьшительные формы на -уня чаще образовывались от имён на -а (Кис → Кисуня), что делает эту версию более редкой, чем прозвищная.

Географически фамилия Кисунин — довольно редкая. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектное слово «киса» было в ходу. Там же фиксируются родственные фамилии: Кисунов, Кисов, Кисляков, но Кисунин стоит особняком из-за суффикса -ин, указывающего на принадлежность к конкретному лицу (Кисуня — человек, давший фамилию роду).

Важно не путать Кисунина с фамилией Кисунов — там основа Кисун, а не Кисуня, что может указывать на иное окончание прозвища. Суффикс -ин в фамилии Кисунин — типичный для севернорусской модели фамилеобразования, где притяжательные прилагательные на -ин были особенно распространены. Так что предок современного Кисунина — скорее всего, крестьянин или ремесленник из северных или центральных губерний, получивший прозвище по своей главной черте: либо по отношению к деньгам, либо по роду занятий с кожаными изделиями.