Фамилия Кисунина — женская форма фамилии Кисунин, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Кисунин образована от прозвища или нецерковного имени Кисуня. Такая модель — от основы на -а/-я с суффиксом -ин — одна из самых распространённых в русской ономастике: она указывает на принадлежность («чей?» — «Кисунин сын», «Кисунина дочь»).

Корень здесь — кис- — многозначен. Самое очевидное: прозвище Кисуня могли дать человеку с кислым, ворчливым или недовольным выражением лица, «кислой» миной. В русских говорах «кислый» означало не только вкус, но и характер: унылый, плаксивый. Однако у слова «кислый» есть и другой, ремесленный оттенок — в псковских и тверских говорах «кислый» иногда называли того, кто занимается квашением, закваской (например, капусты или теста). То есть Кисуней могли прозвать либо квасильщика, либо просто человека, который постоянно «квасит» — бродит, сидит без дела, но это менее вероятно.

Встречается и версия, что основа восходит к уменьшительной форме крестильного имени. Например, от имени Кис — сокращения от Кисо (греч. «камешек») или от славянского имени Кислав, но это уже экзотика: прозвища от характера или внешности встречаются в разы чаще, чем от редких имён.

Географически фамилия Кисунина не привязана к какому-то одному региону. По данным современных баз, она встречается разрозненно — в центральных областях России, на Урале и в Сибири, что говорит о позднем расселении носителей. В XIX веке Кисунины могли быть крестьянами или мещанами — суффикс -ин типичен для фамилий, возникших в низших сословиях, где прозвище передавалось по отцу без сословных осложнений.

Любопытная деталь: в некоторых диалектах «кисуня» — это ласковое обращение к кошке (от «кис-кис»). Если прозвище имело нежный, а не обидный оттенок, то Кисуней могли назвать ласкового, мягкого человека или даже ребёнка. Тогда фамилия несёт не кислый, а скорее «мурлыкающий» смысл.