Фамилия Кисякова — женская форма, а её мужской вариант Кисяков. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Кисяк. Самое вероятное объяснение этого корня — связь с диалектным словом «кислый». В русских говорах «кисляк» или «кисяк» могли называть человека с кислым выражением лица, ворчливого, недовольного, либо того, кто любит кислую пищу — квас, щи, соленья. Такие прозвища по характеру или вкусовым привычкам были обычны в крестьянской среде.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от уменьшительной формы крестильного имени Кис (от греческого «киссос» — плющ), которое встречалось в святцах, но было редким. В этом случае Кисяк — это «маленький Кис», а фамилия образована по стандартной модели: имя + суффикс принадлежности -ов/-ев. Однако большинство ономастов, включая Б. Унбегауна, склоняются к прозвищной основе, так как фамилии на -яков чаще связаны с бытовыми характеристиками, чем с редкими календарными именами.

Суффикс -яков (вместо более частого -аков) указывает на вариант произношения: в говорах «кисяк» могло звучать как «кисяк» с мягким согласным. Такая форма встречается в основном в центральных и южнорусских областях — Тульской, Рязанской, Тамбовской. Географически фамилия Кисяков нешироко распространена, но фиксируется в этих регионах с XIX века, что подтверждает её диалектное происхождение.

Интересная деталь: в некоторых старых документах встречается написание «Кисяков» через «и» с одной «с», что отличает её от возможного смешения с фамилией Кисеяков (от «кисея» — тонкая ткань). Смешение маловероятно, так как «кисея» — слово книжное, а «кисяк» — народное. Так что предки современных Кисяковых, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию по уличному прозвищу, которое закрепилось за семьёй.