Фамилия Кисяков — редкий случай, когда основа, скорее всего, прозрачна, но вот её значение неочевидно. В ней выделяется корень «Кис-» и суффикс «-як-», который в русских фамилиях встречается нечасто. Этот суффикс (как в фамилиях Беляков, Ширяков) обычно указывал на принадлежность к какой-то характерной черте или роду занятий: человек, которого звали, например, Кисляк.

Самая прямая версия отсылает к прозвищу Кисляк. В русских говорах «кисляк» — это не только прокисший продукт, но и вялый, плаксивый, кислый человек. Однако это прозвище могло быть и нейтрально-профессиональным: так могли называть того, кто делал квас, уксус или работал с закваской. Следовательно, предок Кисяковых мог либо обладать соответствующим характером, либо заниматься приготовлением кислых напитков и продуктов.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с тюркским именем Кисяк (или Кисак). В татарском и башкирском языках есть имя Кисәк, которое означает «кусок, часть» или «отрезок». Учитывая, что фамилии на -ов/-ев нередко возникали при обрусении тюркских имен, нельзя исключать, что основа фамилии — имя родоначальника, а не русское прозвище. Эта гипотеза объясняет, почему в фамилии сохранилось «я» под ударением, а не более привычное «ис» от «кислый».

Суффикс «-як» в фамилии Кисяков работает как указатель на то, что прозвище или имя было образовано по модели «Кисяк» (а не «Кислый»). Фамилия достаточно редкая, и её география не привязана к одной области: носители встречаются и в центральной России, и в Поволжье, что косвенно поддерживает версию о смешанном, русско-тюркском происхождении. С уверенностью можно сказать лишь одно: фамилия образована от личного прозвища или имени, которое в быту звучало как Кисяк.