Фамилия Кисиков — один из тех случаев, где корень слова может увести в неожиданную сторону. Самое простое и напрашивающееся объяснение — связь с «кисой», то есть кошкой. Однако в русской ономастике прозвища, образованные от названий животных, обычно давали не за внешность, а за характер или поведение. «Киса» в диалектах могла означать не только кошку, но и ласкового, вкрадчивого человека, льстеца. В таком случае Кисик — это человек с мягким, «кошачьим» нравом, а Кисиков — его потомок.

Но есть и другая, более редкая версия. В южнорусских и украинских говорах «кис» или «киса» — это не только животное, но и кислый хлеб, закваска, или даже обозначение чего-то прокисшего. Прозвище Кисик могли дать либо пекарю, который работал с закваской, либо человеку с кислым, недовольным выражением лица. Суффикс «-ик» в основе (Кисик) указывает на то, что фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени — такие модели особенно часты в среде крестьян и ремесленников.

Фамилия довольно редкая. Её ареал — скорее юг России и восток Украины, где фамилии на «-иков» встречаются чаще, чем на севере. В отличие от более распространённых Киселевых или Кисловых, Кисиковы не связаны с ягодой или молоком — их корень у́же и конкретнее. Если искать аналоги, то это фамилии вроде Котиков или Псиков (от «пёсик»), где уменьшительно-ласкательная форма животного стала основой для родового имени.

Спорных версий здесь немного: иногда пытаются вывести Кисикова от тюркского «киси» (человек), но это натяжка — в русских фамилиях такие заимствования обычно дают формы на «-ев» (Кисиев), а не с суффиксом «-иков». Так что самая надёжная гипотеза — прозвище от ласкового обращения к кошке или от характера. Предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми незлобивыми, а может, и хлебопеками, если верна «кислая» версия.