Фамилия Кисикова — женская форма фамилии Кисиков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Кисик. В русской ономастике суффикс -ик часто указывает на уменьшительную или ласкательную форму, а также может обозначать детёныша животного. Основа «кис-» здесь многозначна и ведёт нас в разные стороны.

Самая прямая и бытовая версия — прозвище для ласкового, нежного человека, которого называли «кисой» или «киской». В русских говорах «киса» — это не только кошка, но и ласковое обращение к женщине или ребёнку, а в некоторых диалектах — даже меховая сумка или кошель. Менее очевидный, но возможный вариант: прозвище для того, кто шил или торговал такими сумками-кисами.

Вторая версия отсылает к тюркским корням. В татарском и башкирском языках «кисек» означает «отрезок, кусок, часть». Прозвище Кисик могли дать человеку невысокого роста, коренастому, или тому, кто занимался кройкой ткани, портняжным делом. В этом случае фамилия Кисиков — типично русская по форме (суффикс -ов), но с тюркской основой, что часто встречается в Поволжье и на Урале.

Географически фамилия Кисикова не принадлежит к числу распространённых. Она встречается разрозненно: в центральных областях России, в Татарстане и Башкирии. Эта разбросанность как раз подтверждает, что у фамилии могло быть несколько независимых очагов возникновения — и там, где прозвище давали за характер, и там, где его связывали с ремеслом.

С точки зрения словообразования, модель простая: основа Кисик + патронимический суффикс -ов. Фамилия закрепилась в XIX веке, когда большинство крестьян получили официальные фамилии. Сословная принадлежность предков Кисиковых, скорее всего, крестьянская или мещанская — дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.