Фамилия Кисыкова — женская форма фамилии Кисыков. В русской традиции такие фамилии не склоняются по родам в значении «принадлежащий кому-то», а указывают на то, что носительница — женщина из рода Кисыковых. Сама же фамилия Кисыков образована от прозвища или нецерковного имени Кисый.

Разберём корень. Слово «кисый» в русских говорах имело два основных значения. Первое — «кислый», «прокисший», «с кислым вкусом». Второе, более интересное — «вялый», «болезненный», «плаксивый» человек. В старину такие прозвища давали не в обиду, а как оберег: считалось, что если назвать ребёнка Кислым, злые духи не позарятся на слабого и обойдут стороной. Либо прозвище закреплялось за взрослым по заметной черте характера — меланхоличности или медлительности.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кисыков — буквально «сын Кисого» или «из семьи Кисого». Это стандартная модель русских фамилий, самая массовая в России. По ней образованы тысячи фамилий от прозвищ, имён и названий животных.

Географически фамилия Кисыков встречается нечасто, но прослеживается в Поволжье и на Урале. В дореволюционных переписях можно найти Кисыковых среди крестьян и мещан — сословия, где прозвища и уличные фамилии переходили в официальные особенно активно. Встречается также вариант Кисов — с усечённой основой, но Кисыков сохраняет более архаичную, полную форму прозвища.

Если отталкиваться от значения «кислый», предок мог быть либо квасником, либо человеком, который любил или делал кислые продукты (квас, капусту). Если же от «вялый» — характер или телосложение дали прозвище, которое закрепилось за родом. Обе версии рабочие, но первая (по занятию) встречается в ономастике реже, чем вторая (по свойству личности).

Есть и маловероятная гипотеза: связь с тюркским словом «кис» — «девушка», но для фамилии с русским суффиксом -ов это звучит натянуто. Тюркские заимствования в русских прозвищах обычно дают основу вроде Кисенев, а не Кисык. Так что корень здесь исконно русский, диалектный.