Фамилия Кисыкбасов (и её вариант Кисыкбасова) — тюркская по происхождению, русифицированная через суффикс -ов. Скорее всего, её корни ведут в азербайджанскую языковую среду. Основа фамилии — прозвище Кисыкбас, и его этимология неочевидна, поэтому стоит разобрать две основные версии.

Первая, менее убедительная, связывает фамилию с тюркским словом «кыз» — «девочка» и отрицательной частицей «бас». Получается нечто вроде «не девочка» — малопонятное для прозвища сочетание, которое не даёт ясной картины ни о внешности, ни о характере человека.

Вторая версия выглядит правдоподобнее. В её основе лежит тюркское слово «кизык» — «маленький». В таком случае прозвище Кисыкбас могло быть антонимичным: так называли крупного, высокого человека — «маленький» в ироничном смысле. Подобные прозвища по принципу «от обратного» распространены в тюркской ономастике. Например, обладателя фамилии Кисыкбасов могли назвать так за рост или стать, выделявшие его среди окружающих.

Со временем прозвище закрепилось за потомками как фамилия. Русский суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Кисыкбасов), что типично для фамилий, образованных от прозвищ в среде, перешедшей на русскую модель именования. Точно определить время и место появления фамилии сложно — она могла возникнуть в разных регионах, где тюркское население контактировало с русской административной системой, в том числе на Кавказе.