Фамилия Кисыкбасовы — одна из тех, где внешне понятный корень таит несколько версий, и ни одна из них не бесспорна. В основе лежит тюркское прозвище, которое русифицировали с помощью фамильного суффикса -ов (женская форма -ова). Суффикс типичен для русских фамилий тюркского происхождения: он заменял исходные аффиксы и приспосабливал слово к славянской модели склонения.

Самый простой разбор — от тюркского «кыз» («девочка, девушка») и отрицательной частицы «бас» (примерно «не дави, не наступай»). Тогда прозвище могло быть оберегом: родители называли сына «не тронь девочку» или «не навреди», чтобы уберечь от беды. Но эта версия лексически громоздка: в живых тюркских языках такое сочетание встречается редко и звучит неестественно.

Правдоподобнее другая гипотеза: основа — «кызык» («маленький»). В этом случае прозвище Кисыкбас (Кызыкбас) могло быть ироничным — его давали крупному, высокому человеку, то есть по контрасту. Такая модель «наоборот» хорошо известна в тюркской антропонимии: маленького звали Богатырём, толстого — Худым. Азербайджанские корни здесь возможны, но не обязательны: аналогичные основы встречаются у казахов, татар, башкир.

Географически фамилия редкая и локальная. Можно предположить, что её носители — потомки выходцев из Закавказья или Поволжья, но письменных подтверждений этому нет. Сословная принадлежность предков неясна: прозвище мог получить и крестьянин, и ремесленник, и мелкий служилый человек.

Фамилия сохранила старую орфографию без «ё» и без удвоения согласных — это тоже деталь: в документах XIX века её могли записать как «Кисыкбасов» или «Кызыкбасов», но закрепился именно первый вариант.