Фамилия Кисыков — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с характером или внешностью. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать модель образования. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кисыков — сын Кисыка. Значит, исходным было прозвище Кисый или Кисык.

В русских говорах слово «кисый» имело два основных значения. Первое — «кислый», «вялый», «плаксивый», «недовольный». Так могли прозвать человека с вечно кислым выражением лица или медлительного, нудного. Второе значение — «слабый», «хилый», «болезненный». В некоторых диалектах «кисым» называли человека, который легко простужается или жалуется на здоровье. Оба варианта правдоподобны: прозвище давали по заметной черте поведения или физическому состоянию.

Менее вероятна, но возможна связь со словом «киска» (уменьшительное от «коса»). В этом случае Кисыком могли назвать человека с необычной причёской или косой, но для фамилий такая основа встречается реже. Также не стоит путать фамилию с тюркскими корнями: в казахском или киргизском «кызык» означает «интересный» или «забавный», но в русской среде заимствование маловероятно — суффикс -ов здесь работает как русский патронимический, а не тюркский.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, где диалекты со словом «кисый» были распространены. Встречается она нечасто, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с массовыми профессиями или крестильными именами. По сословному составу Кисыковы, скорее всего, были крестьянами или мещанами: прозвище давали в быту, а закрепилось оно в документах после отмены крепостного права, когда фамилии стали обязательными для всех.

Таким образом, фамилия Кисыков — это «сын кислого человека», то есть потомок того, кого за характер или здоровье прозвали Кисыком. Никакого тайного смысла или знатного происхождения здесь нет, зато есть живая картинка: в основе — меткое народное наблюдение, которое сохранилось в фамилии через поколения.