Фамилия Кисюшев — редкая не только по частоте, но и по своему строению. В ней нет привычного для русских фамилий суффикса -ов или -ин: основа Кисюш- уже содержит суффикс -уш-, а затем к ней прибавлен -ев. Такая модель встречается у фамилий, образованных от уменьшительно-ласкательных форм личных имён или прозвищ (ср. Кирюшев, Петрушев, Мишушев). Иными словами, Кисюшев — это «сын Кисюша», а Кисюш — ласковое производное от какого-то более полного имени.

Самая вероятная основа — каноническое имя Кис (Киса). В святцах есть мужское имя Кис (от греческого «киссос» — плющ), но оно было крайне редким. Гораздо вероятнее, что Кисюш — это народная уменьшительная форма от Кирилл (через варианты Кирюша, Кирюш, а затем Кисюш — с заменой р на с под влиянием аканья или детского произношения). В русских говорах встречаются и прозвища Кислый, Кисляй, но для фамилии Кисюшев они дали бы иную форму — Кислов или Кисляев.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа Кисюш оканчивалась на мягкий согласный или шипящий. Это типично для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ев часто вытесняли -ов. Географически фамилия Кисюшев встречается в основном в Поволжье (особенно в Ульяновской и Самарской областях) и в соседних регионах — это зона, где активно бытовали уменьшительные формы имён с суффиксом -уш-.

Других версий происхождения, которые можно было бы всерьёз рассматривать, нет. Связь с тюркским «кисю» (зима) маловероятна — фамилия имеет славянскую словообразовательную модель. Так что носитель фамилии Кисюшев почти наверняка потомок человека, которого в семье или на деревне ласково называли Кисюша — скорее всего, Кирилла.