Фамилия Киженцева — женская форма, а её мужской вариант Киженцев. В центре внимания здесь суффикс -ев-, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Киженцев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Киженец. Основа фамилии — топонимическая, и это её главная и практически бесспорная версия.

Киженец — это житель или выходец из населённого пункта с корнем «Киж-». Самый известный претендент — Кижи, знаменитый остров на Онежском озере. Однако в русской ономастике есть и более прозаичные варианты: несколько деревень с названием Кижа, Кижма или Кижерово существовали на севере и северо-западе России, в частности в бывшей Олонецкой губернии и в Вологодчине. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Киженец или Киженцев (с усечением суффикса -ец- по модели «житель Кижей → Киженец → сын Киженца → Киженцев»).

Суффикс -ец- в основе — типичный для называния людей по месту жительства (ср. «туляк» — тулец, «вятский» — вятец). Форма на -ев, а не на -ов, объясняется мягкостью конечного согласного в слове «Киженец»: после ц, ж, ч, ш, щ в фамилиях пишется -ев, а не -ов. Это грамматическая примета, которая не меняет смысла, но помогает отличать фамилии от, скажем, географических названий.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от некалендарного личного имени или прозвища Кижень. В диалектах русского севера «кижень» могло означать нечто вроде «кислый», «вялый» или «плакса» (от глагола «кижеть» — ныть, скулить). В таком случае фамилия образовалась бы напрямую: Кижень → Киженцев («чей сын?»). Но эта гипотеза слабее топонимической, так как прозвище Кижень нигде не зафиксировано в письменных источниках как распространённое, в отличие от названий поселений с корнем «Киж-».

Социальный состав носителей фамилии, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Выходцы с северных территорий часто переселялись в центральные губернии или на Урал, и фамилия могла закрепиться в тех местах, куда уходили на заработки или по воле помещика. Дворянских родов с такой фамилией в истории России не отмечено.

Таким образом, Киженцева — это фамилия, которая с высокой долей вероятности говорит о географическом корне её предков: они были «киженцами», то есть людьми с берегов Онежского озера или из окрестных северных деревень.