Фамилия Кизибаев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка указывает на этническое происхождение, а не на конкретное прозвище. Основной ареал фамилии — Казахстан и прилегающие регионы России (Оренбургская, Астраханская области). В русском контексте она выглядит как тюркская по модели образования, и это действительно так.

Разбираем словообразовательную цепочку. Основа «Кизибай» — это сложное тюркское имя. Первая часть «кизи-» может восходить к тюркскому «кызыл» — «красный» (в некоторых диалектах «кизил»). Вторая часть «-бай» — распространенный компонент мужских имен у тюркских народов, означающий «богатый», «господин», «хозяин». Таким образом, имя Кизибай (Кызылбай) буквально переводится как «красный богач» или «красный господин». В тюркской ономастике «красный» часто имел значение не просто цвета, а «красивый», «видный», «благородный» (сравните с русским «красна девица»). Так что имя означало «богатый и красивый» или «знатный».

Русский суффикс «-ев» присоединился к тюркской основе по стандартной модели: от имени Кизибай образовано притяжательное прилагательное «Кизибаев сын» (чей? — Кизибаев). В итоге фамилия означает «потомок Кизибая». Никакого иного корня, кроме тюркского, у этой фамилии нет. Попытки связать ее с каким-либо русским словом («кизил» как ягода или «кизяк» как топливо) лингвистически несостоятельны: при таком происхождении в фамилии был бы суффикс «-ов» или «-ин», а основа звучала бы иначе.

Сословная принадлежность носителей фамилии в Российской империи была, скорее всего, крестьянской или казачьей (в Оренбургском казачьем войске служило много тюркоязычных народов). Фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная «патронимическая» фамилия, которую давали по отцу без дополнительных привилегий. Встречаются также варианты написания «Кызылбаев» и «Кизилбаев», что подтверждает цветовую версию корня.