Фамилия Кизирнис — редкий пример восточно-балтийского влияния на русский ономастикон. Она имеет латышские корни, что слышно в окончании -нис. В латышском языке суффикс -nieks (в родительном падеже -nieka) обозначает человека по его занятию, происхождению или месту жительства: например, zemnieks — «крестьянин», latvietis — «латыш». Фамилии с основой на -nieks, перешедшие в русскую передачу, часто оканчивались на -нис, как в данном случае.

Основа «Кизир» восходит к латышскому слову ķizis — «козёл» (в некоторых диалектах), либо к ķezis — «козёл» или «упрямец». Соответственно, Кизирнис — это «козопас» или, в переносном смысле, «козёл» (прозвище упрямого или бодливого человека). В латышской антропонимии фамилии от названий животных встречаются часто, и они не всегда несут негативный оттенок: скорее, они указывали на характер или род занятий.

Географически фамилия привязана к регионам, где исторически жили латыши и куда в XIX веке мигрировали носители балтийских фамилий — Латгалия, Курземе, а также территории современной Псковской области и Сибири, куда ссылали латышских крестьян после реформ. В России фамилия Кизирнис встречается преимущественно в Сибири и на Дальнем Востоке, что говорит о переселенческой волне конца XIX — начала XX века.

Словообразовательная модель проста: основа ķizis + суффикс -nieks. При переходе в русский язык окончание -s отпало, а -nieks превратилось в -нис. Встречаются варианты написания: Кизирнис и Кизирникс, но первый вариант закрепился как основной в русских документах. Фамилия не имеет отношения к тюркским корням, хотя внешне похожа на кавказские или среднеазиатские — это типичная ошибка при поверхностном взгляде.

Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или ремесленники из латышских губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В XX веке, после переселения, фамилия осталась в среде рабочих и сельских жителей.