Фамилия Кизернис — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не ремесло и не имя, а топоним, причём нерусского происхождения. Она образована от названия города Кизернис (Kieseritz) в Восточной Пруссии, на территории современной Калининградской области России. Немецкое название города — Kieseritz, а польское — Kiezernis. Фамилия, скорее всего, закрепилась за выходцем из этого места или за человеком, который имел с ним устойчивую связь (например, владел землёй или торговал). Модель образования проста: к основе топонима добавили типичный русский патронимический суффикс -ис (в родительном падеже — -а, отсюда Кизернис). В польской традиции такой суффикс тоже встречается, но в русском языке он редок и указывает на позднее заимствование — фамилия оформилась, когда носитель уже жил в русскоязычной среде, но сохранил память о немецком или польском корне.

Вторая, менее вероятная версия выводит фамилию из немецкого диалектного слова «Kieser» — «каменщик» или «добытчик щебня». В этом случае суффикс -нис мог быть адаптацией немецкого -nitz (указывающего на место или занятие). Но тогда логичнее было бы ждать форму Кизерниц, а не Кизернис. Поэтому версия с топонимом Кизернис убедительнее: она объясняет и редкое окончание, и географическую привязку.

По сословной принадлежности носители фамилии Кизернис, скорее всего, были мещанами или крестьянами — выходцами из немецких колоний или из приграничных польских земель, которые после разделов Речи Посполитой оказались в составе Российской империи. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречаемость фамилии крайне низкая: она почти не выходит за пределы Калининградской области и соседних регионов, что подтверждает её локальное, «привязанное к месту» происхождение.

Сравните с однокоренными фамилиями: Кизер, Кизерман, Кизерницкий. У них та же основа, но разные суффиксы указывают на другой путь образования (от профессии или от немецкой фамилии). Кизернис стоит особняком — это «географический отпечаток», который почти не менялся с момента возникновения.