Фамилия Кизерев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Кизеря). Основа — Кизерь. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, слово «кизерь» или «кизярь» имело два основных значения. Первое — бранное прозвище для упрямого, капризного или вздорного человека (сравните с диалектным «кизиться» — капризничать, ломаться). Второе, более конкретное — так называли человека маленького роста, коротышку, от «кизя» — нечто мелкое, короткое. Оба значения укладываются в модель прозвищ по характеру или внешности, которые становились основой для фамилий.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским «кизир» (сокращенный, урезанный) или с местным названием какого-либо инструмента или предмета. Однако в ономастике чаще работает принцип: если есть живое диалектное слово с человеческой характеристикой — оно и становится первым кандидатом. Унбегаун в своих работах по русским фамилиям отмечал, что прозвища с суффиксом -ерь (-ырь) нередко давали людям с заметными чертами нрава.

Географически фамилия Кизерев встречается точечно, без явного скопления в одном регионе, что типично для поздних крестьянских фамилий, возникших из прозвищ. Носитель мог быть крестьянином или ремесленником, получившим кличку за строптивый нрав или низкий рост. В документах XIX века встречаются единичные записи по Тверской и Вятской губерниям, но массовой статистики нет. Таким образом, предок Кизеревых — скорее всего, человек с нелегким характером, которого в деревне прозвали Кизерем за неуступчивость или за то, что был невысок ростом.