Фамилия Кизеевы — типичный пример русской фамилии, образованной от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Кизя, которое, по одной из версий, связано с устаревшим словом «киса» — «мешок, мошна, карман». Такое прозвище могли дать скупому или чрезвычайно бережливому человеку, который, как говорили, «держал кису завязанной».

Однако у этой фамилии есть и другая, не менее интересная версия происхождения, связанная с тюркскими корнями. Слово «кизяк» в татарском языке означает «резаный, формованный навозный кирпич для топлива» — сухой навоз. В этом случае прозвище Кизя мог получить торговец кизяком, человек, чей род занятий был связан с этим видом топлива. Такая версия выглядит правдоподобной, учитывая широкое распространение тюркских заимствований в русских говорах южных и восточных регионов.

Самый же надёжный след ведёт в тюркские языки. Слово «кису» означает «резать, рубить, сечь, стричь, выкраивать». Прозвище Кизя могли дать портному, скорняку или резчику по дереву — человеку, чья работа была связана с резанием и кройкой. Менее вероятна, но также упоминается связь с татарским «кизу» — «эпидемия, мор» или «кисеу» — «головешка, обгорелое полено». Последние значения, скорее всего, относятся к народным, ироничным прозвищам, которые не стоит воспринимать буквально.

Модель образования фамилии проста: к основе Кизе- (от Кизя) добавился типичный русский суффикс принадлежности -ев, указывающий на «сына Кизея» или «потомка Кизя». Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или шипящий.

О точном месте и времени возникновения фамилии Кизеевы говорить сложно. Процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий и завершился лишь к концу XIX века. Можно предположить, что фамилия закрепилась в регионах с сильным тюркским влиянием — в Поволжье, на Урале или в южнорусских степях, где смешение славянских и тюркских языков было особенно интенсивным.