Фамилия Кизоркин — редкая и неочевидная. Её основа «Кизорк» не встречается в современных русских именах или нарицательных словах, поэтому логичнее всего искать корень не в славянских, а в тюркских, финно-угорских или диалектных источниках. Суффикс -ин указывает на модель «чей?»: Кизоркин — сын Кизорки, а Кизорка, в свою очередь, — это прозвище или уменьшительное от имени Кизорк.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «кизир» или «кезер» (в разных диалектах — «крепкий», «сильный», «упрямый»). В русских говорах Поволжья и Приуралья, где активно контактировали тюркские и славянские языки, такие прозвища давали людям с характером или физическими данными. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит финно-угорский корень (например, в коми или удмуртском «кизь» — «гнилой», «сырой», что могло быть прозвищем по месту жительства у болота или по занятию — например, рыбак, работающий с мокрыми сетями).

Редкость фамилии (она почти не встречается за пределами нескольких деревень в Кировской области и на юге Пермского края) говорит о локальном происхождении. Скорее всего, Кизоркины — потомки одного человека, получившего прозвище в XVI–XVII веках, когда в этих местах шла активная колонизация земель и смешение русского населения с местными народами. В переписных книгах того времени фамилия не фиксируется, что типично для прозвищ, перешедших в фамилии уже в XIX веке.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду таких же редких «диалектных» фамилий на -ин, как Кизеров, Кизеровский, Кизяков. Общего с «кизяком» (навозом) у неё нет — это ложная ассоциация: в основе лежит другой корень, без негативного оттенка.