Фамилия Клапаухая — редкий пример фамилии, образованной не от профессии или имени, а от яркого, почти гротескного прозвища. Она происходит от словосочетания «клапаухий», то есть человек с оттопыренными, торчащими в стороны ушами. Слово «клап» в русских говорах и в родственных славянских языках означало «лоскут», «отвислый кусок», «тряпка». Отсюда «клапаухий» — буквально «с ушами, похожими на клапаны или лоскуты». Прозвище давали за заметную внешнюю черту, и оно легко закреплялось в деревне, где каждый был на виду.

Фамилия стоит в форме женского рода (Клапаухая), что типично для южнорусского и украинского ареала, где фамилии на -ая/-ий не склоняются как прилагательные, а живут самостоятельной жизнью. Мужской вариант — Клапаухий. Такая модель образования (прилагательное в роли фамилии) характерна для казачьих областей и юга России, особенно для территорий бывшего Войска Донского и Слобожанщины. Встречается она и на Украине, где прозвища на -ухий (голопузый, кривоухий) были обычным делом.

Поскольку фамилия не относится к числу распространённых, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких сёл, где прозвище закрепилось за целым родом. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века такие фамилии могли записывать по-разному: Клапаухов, Клапаухин, но форма на -ая указывает на южнорусское происхождение, где окончание прилагательного сохранялось в качестве фамильного.

Социальный статус предков — крестьянство или казачество. Никакого дворянства или купечества за этой фамилией не числится, что логично: прозвище по ушам давали в среде, где внешность обсуждали открыто и без стеснения. Сейчас фамилия встречается в единичных случаях в России и на Украине, и её носители — это, как правило, потомки тех самых «клапаухих», чья особенность через века стала фамильной меткой.