Фамилия Клавцан — редкая и необычная для русского уха. Её можно уверенно отнести к числу искусственных или семинарских фамилий, которые в XVIII–XIX веках массово давали воспитанникам духовных училищ и семинарий. Вместо привычных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, будущие священники нередко получали фамилии, образованные от латинских или греческих слов, — это был способ подчеркнуть образованность и оторванность от крестьянского быта.

Основа Клавцан скорее всего восходит к латинскому слову clavus, что значит «гвоздь», «ключ» или, в переносном смысле, «стержень», «руководящая нить». В семинарской среде латинский clavus мог трансформироваться в фамилию через добавление характерного суффикса -ан, который в русских фамилиях встречается редко, но известен по примерам вроде Иордан или Кесариан. Получается, что Клавцан — это «гвоздевой» или «ключевой», то есть фамилия, символически указывающая на твёрдость веры или на роль пастыря как «ключа» к спасению.

Версия о происхождении от прозвища или профессии маловероятна: в русских говорах и ремёслах слово «клавцан» не зафиксировано. Также нет оснований связывать её с немецкими или польскими корнями — хотя фамилия звучит по-западному, её латинская основа указывает именно на книжное, искусственное происхождение.

Географически Клавцан встречается единично, в основном в записях XIX века по южнорусским и центральным губерниям, где были сильны духовные училища. Носители этой фамилии — почти наверняка потомки выпускников семинарий, которые затем становились сельскими священниками или дьячками. Сама фамилия так и осталась редкой, не перейдя в массовое употребление, и сегодня её можно встретить лишь у нескольких семей, сохранивших память о сословном прошлом.