Фамилия Клебеко — редкий случай, когда прозвище застыло в форме, нехарактерной для русской ономастики. Её основа — не имя, не профессия, а, скорее всего, звукоподражательное или описательное прозвище. В белорусском и украинском языках есть глагол «клебетати» — болтать, трещать без умолку, а также «клебет» — пустомеля, балабол. Человек, получивший такое прозвище, отличался словоохотливостью или, наоборот, резкой, отрывистой речью. Суффикс -ко (вместо более привычного -енко) типичен для украинских и юго-западных белорусских фамилий: он указывает на уменьшительность или принадлежность (буквально «сын болтуна» или просто «болтунишка»). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые охватили большинство русского населения, модель на -ко осталась региональной, что сразу сужает географию поисков предков.

Гораздо менее вероятна, но всё же возможна версия, связывающая фамилию с немецким словом Klebe — клей. В этом случае Клебеко могло быть прозвищем столяра, склейщика или переплетчика, а суффикс -ко — адаптацией на славянской почве. Однако для немецких корней типичнее окончание -ов (Клебов), а не -ко, поэтому звуковая версия («болтун») выглядит первичной.

По сословной принадлежности Клебеко — почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия. В дворянские гербовники она не попала, и в дореволюционных справочниках её носители — это преимущественно жители Черниговской, Могилёвской, Киевской губерний. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая: по данным переписей, в России её носят не более нескольких сотен человек, с заметным сгущением на юге Брянской области и в Краснодарском крае — в зонах позднего переселения с Украины.

Фамилия Клебеко не имеет ничего общего с литовским klebėti (ковылять) или польским klebek (клубок), как иногда пишут в любительских словарях. Это типичный случай, когда народная этимология подгоняет звучание под понятное слово, но исторические записи (например, метрические книги XIX века) последовательно фиксируют именно форму Клебеко, а не Клебок или Клебек.