Фамилия Кликовкин образована от прозвища или нецерковного имени Кликовка. В русской ономастике суффикс -к(а) часто указывал на лицо, названное по действию или характерному признаку: «кликать» значило звать, громко кричать, а в некоторых говорах — петь или плакать навзрыд. Таким образом, Кликовкой могли прозвать крикливого младенца, запевалу на гуляньях или человека с громким голосом. Притяжательный суффикс -ин добавлялся к основам на -а/-я, поэтому Кликовкин буквально означает «сын (или потомок) Кликовки».

Встречается и альтернативная версия: основа могла быть связана с диалектным словом «клик» — в некоторых областях так называли сноп или вязанку соломы. Тогда прозвище относилось к крестьянину, который вязал снопы, или к человеку с характерной походкой. Однако эта гипотеза менее убедительна: глагольная основа «клик-» с суффиксом -овк- встречается в фамилиях чаще, чем предметная.

Фамилия редкая и локальная. По данным переписей и архивов, основные очаги Кликовкиных — центральные и южнорусские регионы, особенно Курская, Орловская и Воронежская губернии. Там слово «кликать» в значении «громко звать» было в ходу до XX века. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и однодворцами, то есть людьми, которые несли службу на южных рубежах, но не были крепостными.

Интересная деталь: в некоторых документах фамилию писали через «о» — Клоковкин, что могло быть результатом «аканья» (произносили [клокофк’ин], а записывали на слух). Но это не отдельная фамилия, а орфографический вариант, который со временем закрепился за другой ветвью рода.