Фамилия Клипаченко — типичный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной восточнославянской модели. Суффикс -енко, изначально уменьшительный, в украинской ономастике стал главным патронимическим показателем, означающим «сын» или «потомок». Таким образом, Клипаченко — это «сын Клипача» или «потомок человека по прозвищу Клипач».

Основа фамилии — прозвище Клипач. Его происхождение неочевидно, и здесь есть несколько версий. Самая прямая и правдоподобная связь — с глаголом «клипать». В украинских и южнорусских говорах это слово означает «моргать», «щуриться», а также «мигать», «мерцать» (о свете). Прозвище Клипач могли дать человеку, который часто моргал, имел привычку щуриться или обладал каким-то дефектом зрения, связанным с прищуриванием.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с диалектным «клипа» — ресница или веко. В таком случае Клипач — это человек с заметными, длинными или, наоборот, редкими ресницами. Версия о звукоподражательном происхождении (от «клип-клип») слишком общая и не даёт конкретного портрета предка.

Географически фамилия Клипаченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине. В России она встречается редко, в основном в регионах, граничащих с Украиной, или в местах массового переселения украинских крестьян в XVIII–XIX веках (Кубань, Слобожанщина).

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (Иващенко, Грищенко), Клипаченко происходит от прозвища, связанного с внешностью или физиологической особенностью. Это указывает на то, что прозвище возникло в крестьянской или казацкой среде, где людей часто называли не по отцу, а по их яркой черте. Социальный статус первых носителей — скорее всего, свободные казаки или государственные крестьяне, а не дворяне, так как фамилии на -енко долго оставались «простонародными» и закрепились официально лишь в XIX веке.