Фамилия Клишанец — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс «-ец». В восточнославянских фамилиях он обычно указывает на географическое происхождение: так называли человека по месту, откуда он пришёл или где жил. Чаще всего это были выходцы из конкретного села, города или местности (ср. Томенец, Ростовец, Каменец). Поэтому логичнее всего предположить, что основа фамилии — топоним, то есть название населённого пункта.

Какого именно? Здесь возможны варианты. На слуху сразу оказывается белорусский город Клецк, который по-польски звучит как Kleck (отсюда же польская фамилия Klecki). Однако прямое фонетическое совпадение с «Клишанец» даёт скорее украинское село Клишковцы (Черновицкая область) или западноукраинские Клища, Клищи. В основе этих названий лежит диалектное слово «клиш» или «клища» — топкое, вязкое место, болото, поросшее кустарником. Человек, живший у такого болота или в селе с таким названием, получал прозвище Клиш, а его сын или переселенец становился Клишанцем: «он из Клищей, из Клишковцев».

Менее вероятна, но тоже возможна версия, что в основе лежит не地名, а личное прозвище. В украинских говорах «кліш» — это клешня (рачья клешня) или кривая, искривлённая нога (ср. «клішоногий»). В этом случае прозвище Клиш дали человеку с характерной походкой или физической особенностью, а суффикс «-анец» (как в фамилиях Писанец, Швецанец) образовал от него фамилию. Однако модель «прозвище + -анец» встречается реже, чем «топоним + -ец», поэтому первая версия — с болотистой местностью — выглядит убедительнее.

Фамилия однозначно западного происхождения: украинского, белорусского или польского. Носители Клишанец концентрируются на западе Украины (особенно в Хмельницкой и Винницкой областях), в южной Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибири. В русском языке суффикс «-ец» нередко адаптировали, но здесь он сохранился без изменений, что указывает на сравнительно позднее закрепление фамилии (XVII–XVIII века) уже в её современной форме.

Формы Клишанец и Клишанец (с ударением на второй слог) встречаются в документах — оба варианта допустимы, хотя в украинской среде чаще ударение на «а». В целом, фамилия редкая, словарная, и её носители почти наверняка происходят из одного-двух родовых гнёзд на западнорусских землях.