Фамилия Клисторин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её словообразовательную модель. Основа здесь — «Клистор-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: чей? — сын Клистора. Значит, в основе лежало личное имя или прозвище Клистор.

Самая вероятная версия связывает это прозвище с диалектным словом «клистор». В некоторых русских говорах так называли клистирную трубку, медицинский инструмент для промывания. Само слово восходит к греческому «klyster» (промываю, очищаю). Прозвище Клистор могли дать либо человеку, связанному с врачеванием, например, лекарю или фельдшеру, который часто ставил клизмы, либо, что более характерно для народной традиции, — человеку с каким-то физическим недостатком или особенностью поведения, которую окружающие ассоциировали с этим инструментом. Такие прозвища часто давались иронично или насмешливо.

Менее вероятная, но возможная версия — что Клистор — это вариант крестильного имени. В святцах такого имени нет, но иногда в народе переиначивали редкие церковные имена на свой лад. Например, имя Каллистрат (от греч. «прекрасный воин») могли сократить до Клистор. Однако эта гипотеза слабее: переход от «Каллистрат» к «Клистор» неочевиден, а прозвищная версия с медицинским корнем объясняет форму прямо и без натяжек.

Суффикс «-ин» типичен для русских фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на согласный. Такие фамилии чаще всего встречались на севере и в центральных областях России. Фамилия Клисторин, скорее всего, сформировалась в крестьянской или мещанской среде, где прозвища закреплялись за одним родом и передавались по наследству. Носители этой фамилии могли быть выходцами из регионов, где слово «клистор» было в ходу, и их предок получил это прозвище по роду занятий или по насмешке.

Стоит отметить, что фамилия Клисторин не имеет отношения к современному слову «клистир» в его прямом медицинском значении, а отражает народное, порой грубоватое, но точное прозвище. В ономастических справочниках эта фамилия не описана широко, что делает её особенно интересной для локального изучения: возможно, она бытует в узком ареале или связана с одной конкретной семьей. Сравните с однокоренными фамилиями Клистин, Клистов — они тоже редки и, вероятно, восходят к тому же корню.