Фамилия Кльофас стоит особняком в русском ономастиконе. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, а основа звучит как греческое или библейское имя. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а позднее заимствование, которое попало в Россию через духовное сословие.

Самая вероятная версия связывает фамилию с именем Клеопа (греч. Κλεόπας). В Новом Завете Клеопа — один из двух учеников, которым воскресший Христос явился по дороге в Эммаус. В русской традиции это имя иногда произносили и писали как «Кльопа» или «Клеофа». Фамилия Кльофас могла возникнуть в семинарской среде: будущим священникам нередко давали фамилии по именам святых, часто в грецизированной или латинизированной форме. Суффикс -ас здесь необычен для русского языка, но встречается в искусственных книжных фамилиях (сравните: Клеофас, Ионас, Фаддей). Такие фамилии закреплялись за выпускниками духовных училищ в XVIII–XIX веках.

Есть и более простая, бытовая версия. В южнорусских и украинских говорах «кльофас» или «кльофа» могло быть прозвищем нерасторопного, медлительного человека — от глагола «кльофати» (ковылять, идти с трудом). Однако эта гипотеза слабее: нет устойчивой лексической традиции, которая подтверждала бы такое прозвище в письменных источниках. К тому же фамилия слишком редкая и «книжная» по звучанию, чтобы быть чисто народной.

Фамилия Кльофас — почти наверняка след семейной истории, связанной с церковью. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были выходцами из духовного звания, и фамилию им дали при поступлении в семинарию по имени апостола от семидесяти Клеопы. Встречается она в основном в центральных и южных губерниях Российской империи, где было много духовных училищ, но сегодня остаётся крайне редкой.