Фамилия Клоковский — типичный пример того, как прозвище или географическое название превратились в дворянскую или шляхетскую фамилию. Её образует суффикс -ский, который в восточнославянском ономастиконе чаще всего указывает на связь с местностью или, реже, на принадлежность к знатному роду. В основе лежит слово «клок» — и тут открывается сразу несколько возможных значений.

Самое прямое и очевидное — прозвище Клок. «Клоком» на Руси называли пучок волос, клочок шерсти, сена или земли. Человек с таким прозвищем мог быть лохматым, носить неопрятную бороду или, наоборот, иметь заметную прядь волос. Но есть и вторая версия, менее бытовая, но исторически весомая: в польском и западнорусском говорах «клок» означало «ключ» (родник, источник). Отсюда тянутся топонимы — села Клоки, Клоково, Клоковка, которых немало на территории современной Украины, Беларуси и в западных областях России. Фамилия Клоковский могла возникнуть как «выезжая» — то есть принадлежать человеку, который переехал из такого села и стал именоваться по его названию.

Интересно, что фамилия бытовала в среде польской шляхты и украинской старшины. В реестрах Речи Посполитой встречаются Клоковские герба Ястршембец и других гербов — это указывает на то, что носители фамилии входили в привилегированное сословие. Однако это не исключает и крестьянского происхождения: если предок получил прозвище за внешность, то впоследствии его дети, перебравшись в другое место, легко могли «облагородить» фамилию суффиксом -ский, подражая местной знати. Спор между версиями «по прозвищу» и «по названию села» разрешается в пользу топонимической: слишком много одноимённых сёл на западе, чтобы считать её случайной.

Сравните с однокоренными Клоков, Клоковцев, Клок — они образованы проще (суффиксы -ов, -ев) и чаще указывают на прозвище отца. Клоковский же — более сложная, «географическая» модель, типичная для фамилий, которые оформлялись в XVI–XVII веках на землях Великого княжества Литовского и Королевства Польского. Носитель фамилии Клоковский с высокой вероятностью происходит из западнорусских или польских земель, и его предки либо владели землёй в окрестностях села Клоки, либо получили фамилию при переходе на службу к московскому двору.