Фамилия Клонцов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), она явно прозвищная. Основа здесь — «клонц», и чтобы понять её смысл, нужно заглянуть в диалекты и старые промыслы.

Скорее всего, в основе лежит слово «клон» в значении «наклон», «сгиб». В русских говорах «клонцом» или «клончиком» могли называть человека, который ходит ссутулившись, наклоняясь, или того, кто работает в согнутом положении — например, косца, жнеца или бондаря, гнущего обручи. Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Клонцов — сын Клонца, то есть человека с таким прозвищем.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским или кавказским корнем. В языках региона «клан» или «клон» может означать «ветвь», «род», а «-ц» — уменьшительный суффикс. Тогда Клонцов — это «сын младшей ветви рода». Однако эта гипотеза слабее: для южных фамилий типичнее суффикс «-ов» в сочетании с тюркскими основами, но само слово «клонц» в таком значении не фиксируется.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в центральных областях России — там, где были развиты ремёсла, связанные со сгибанием, гнутьём (бондарное, тележное дело). В дореволюционных переписях Клонцовы — это чаще всего крестьяне или мещане, а не дворяне, что подтверждает прозвищное, а не служебное происхождение.

Однокоренных фамилий немного: Клонов — от прозвища «Клон» (сутулый), Клонский — искусственная семинарская или топонимическая фамилия. Клонцов стоит особняком именно из-за редкого уменьшительного суффикса «-ц», который в русской фамильной модели встречается нечасто.