Фамилия Клопкова — женская форма фамилии Клопков. В её основе лежит прозвище Клопок. Проще всего объяснить его происхождение от слова «клоп». Клопком в народе могли прозвать человека маленького роста — по аналогии с крошечным насекомым. Но прозвище могло относиться и к характеру: так в шутку называли навязчивого, неотступного человека, который «пристал, как клоп».

Есть и вторая версия, менее распространённая. Она связывает прозвище Клопко с украинским глаголом «клопотати», то есть «тревожить», «хлопотать». В этом случае Клопком называли человека суетливого, беспокойного, но вместе с тем заботливого и старательного. Оба значения — и от насекомого, и от глагола — могли существовать параллельно в разных говорах.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе прозвища Клопок добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Клопков). Форма Клопкова — это вариант для женщины, означающий «дочь или жена Клопкова». Такая словообразовательная схема — одна из самых распространённых в русских фамилиях, и Клопкова здесь не исключение, а яркий пример того, как бытовое прозвище, связанное с внешностью или поведением, превратилось в наследственное родовое имя.