Фамилия Клопыжникова образована от мужского варианта — Клопыжников. В её основе лежит мирское имя или прозвище Клопыжник. Скорее всего, оно связано с названием растения. Хотя в словарях нет прямого слова «клопыжник», можно предположить, что так в народе называли одно из растений с похожим корнем: клопец (денежник, ярутка), клоповник (багульник, болотный розмарин) или клопику (кукушкины слезки). В таком случае фамилия относится к «растительным» — человек мог получить прозвище по месту жительства (у зарослей этого растения) или по роду занятий (сбор трав).

Менее вероятная гипотеза связывает прозвище Клопыжник с украинским глаголом «клопотати» — «тревожить», «хлопотать». Если это так, то прозвище могли дать суетливому, беспокойному или, наоборот, заботливому и старательному человеку. Обратите внимание на суффикс -ник-: в русских фамилиях он часто указывает на человека, связанного с предметом или действием (ср. Огородников, Путников). Здесь он оформляет прозвище в имя, от которого и пошла фамилия.

Фамилия Клопыжниковых — редкая. Она встречается нечасто, что типично для фамилий, образованных от забытых местных слов. В написании с суффиксом -ов она указывает на принадлежность к роду Клопыжниковых.