Фамилия Клопыжников — редкий случай, когда за основу взяли слово, которого нет в современных словарях. Это не ошибка, а признак древнего, ушедшего из живого языка прозвища или мирского имени.

Чаще всего фамилию выводят от названия растения. В разных говорах «клопыжником» могли называть клоповник (багульник) или клопец (ярутку). Человек, получивший такое имя, мог жить рядом с зарослями этой травы, заниматься её сбором или просто быть похожим на неё по какой-то примете. Суффикс -ник указывает на предмет или лицо, связанное с действием, а -ов — стандартный патронимический суффикс, который превращает прозвище отца в фамилию сына. То есть Клопыжников — буквально «сын Клопыжника».

Менее убедительная версия связывает фамилию с украинским глаголом «клопотати» (беспокоиться, хлопотать). По этой логике, Клопыжником называли суетливого или заботливого человека. Но это объяснение слабее: во-первых, основа «клопыж-» не совпадает с глагольным корнем, во-вторых, фамилия явно русская, а не украинская по типу образования.

Самое интересное в этой фамилии — её редкость и почти полное отсутствие в современных базах. Встречается она в единичных записях, в основном на севере и северо-востоке европейской части России. Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться в небольшом локальном говоре и не распространилась широко. В отличие от массовых фамилий на -ов, которые встречаются повсеместно, Клопыжниковы — скорее всего, потомки одной или двух семей из одного села или уезда.