Основой фамилии Клопыжников послужило мирское имя Клопыжник. Скорее всего, фамилия Клопыжников образована от мирского имени Клопыжник, которое, в свою очередь, восходит к названию растения. Следует отметить, что в словарях не зафиксировано такого названия, однако можно предположить, что клопыжником называли растение клопец (денежник, ярутка), клоповник (багульник, болотный розмарин) или клопику (кукушкины слезки). Согласно другой, менее вероятной гипотезе, фамилия Клопыжников образована от прозвища Клопыжник, которое может быть связано с украинским глаголом «клопотати», что в переводе на русский язык означает «тревожить». Вероятно, так называли суетливого, беспокойного человека, возможно, заботливого, старательного. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Клопыжник, со временем получил фамилию Клопыжников.