Фамилия Клопенко звучит по-украински, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он указывал на происхождение по отцу: Клопенко — это буквально «маленький Клоп» или «сын Клопа». В XVII–XVIII веках такие фамилии массово закреплялись за казаками и крестьянами Левобережной и Слободской Украины, вытесняя более архаичные прозвища.

Основа фамилии — прозвище Клоп. В русских и украинских говорах слово «клоп» имело не только прямое значение (насекомое), но и переносное. Клопом могли назвать невысокого, приземистого человека, того, кто «прилипчив» или надоедлив, а иногда — просто обладателя тёмных, «клопяных» глаз. В старину прозвища по насекомым не несли оскорбительного оттенка: они были бытовыми и описательными, как Жук, Комар или Муха.

Интересно, что в некоторых южнорусских говорах слово «клоп» означало ещё и сорт яблок, а также растение-клопогон. Но для фамилии Клопенко основная версия — прозвище человека, а не растениеводческий термин. Встречаются фамилии Клопов, Клопин и Клопиков — все они однокоренные, но Клопенко стоит особняком из-за своего украинского суффикса.

По географии фамилия Клопенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), а также в приграничных регионах России. Среди дворянских родов эта фамилия не зафиксирована — её носители, скорее всего, были из казацкой или крестьянской среды. Сословная принадлежность предков не прослеживается по документам, но суффикс -енко надёжно указывает на их происхождение из малороссийских земель.