Фамилия Клоповы (мужской вариант — Клопов) образована от личного прозвища Клоп. В основе лежит не насекомое в прямом зоологическом смысле, а народное прозвище, которое давали по двум основным причинам. Первая и самая вероятная — внешность: клопом называли человека маленького роста, приземистого и невидного. Вторая версия связана с характером: прозвище Клоп могли закрепить за надоедливым, приставучим или сварливым человеком, чьё поведение напоминало назойливость этого жучка.

Фамилия построена по самой распространённой русской модели: к основе Клоп- добавили патронимический суффикс -ов, который означает «сын Клопа» или «принадлежащий Клопу». Такая схема в XV–XVII веках стала доминирующей в центральной России и на севере, вытеснив более древние формы на -ин. В говорах встречается и вариант Клопин, но он встречается реже.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к помещичьему или крестьянскому сословию — прозвища от названий насекомых давали людям любого звания. В писцовых книгах XVI века встречаются крестьяне с прозвищем Клоп, а в более поздних документах — уже их потомки Клоповы. В отличие от «благородных» фамилий на -ский, Клоповы закрепились в среде посадских людей, крестьян и однодворцев южных губерний.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл несколько столетий, и единого центра не было. Однако по переписям XIX века Клоповы чаще всего встречались в Тульской, Рязанской и Воронежской губерниях — то есть в зоне позднего заселения, где прозвищные фамилии сохранялись дольше.

В современном русском языке фамилия звучит неблагозвучно из-за прямого совпадения с бытовым названием насекомого, но для носителей XVI–XVII веков такого оттенка не было: слово «клоп» тогда значило прежде всего «маленький, юркий человек» и лишь во вторую очередь — «постельный клоп». Это типичный случай, когда бытовая этимология затемняет первоначальный смысл фамилии.