Фамилия Клпытова — редкий случай, когда написание сразу ставит вопрос: как её произносили и откуда она взялась? Сочетание «клп» в начале слова для русского языка нетипично, и это ключ к разгадке. Скорее всего, перед нами не исконно русская основа, а искажённое или адаптированное на письме прозвище или имя.

Первое, что приходит на ум: фамилия могла возникнуть из диалектного или просторечного варианта слова «колпак». В русских говорах «колпак» нередко произносили как «клпак», выпадала гласная. Отсюда — прозвище Колпак или Клпак для человека, который носил колпак (или, в переносном смысле, был простаком, ротозеем, как в поговорке «колпак с ушами»). Фамилия Клпытова тогда — это женская форма от мужской Клпытов, образованной через суффикс -ов от прозвища Клпыт (вариант того же «колпака» с другим суффиксом). Суффикс -ыт здесь редок, но встречается в прозвищах (ср. Голытьба, Космыт).

Вторая версия — основа от тюркского или кавказского имени. В языках народов Поволжья и Кавказа есть корни «клп» или «кылп», означающие что-то короткое, обрубленное, а также личные имена. Например, у татар и башкир встречается имя Килдебек, которое могло сократиться до Кылпы. Русские писцы, записывая такое имя на слух, могли передать его как Клпыт или Клпытов. Фамилия Клпытова тогда — результат межэтнического контакта, когда татарское или башкирское прозвище получило русский патронимический суффикс.

Третья, менее вероятная версия — от древнерусского глагола «клпытать» (значение неясно, возможно, «клевать» или «стучать»). В ономастических трудах такой глагол не зафиксирован, но в диалектах могли быть редкие слова.

Географически фамилия Клпытова почти не встречается в центральных областях России. Её можно найти в единичных записях в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области — то есть в зоне активного татаро-русского взаимодействия. Это косвенно подтверждает вторую версию.

Таким образом, предки носительницы фамилии Клпытова, скорее всего, были либо русскими крестьянами, получившими прозвище от диалектного «колпак», либо людьми из тюркской среды, чьё имя было адаптировано русскими писарями. Точное значение угасает, но ясно одно: фамилия эта — редкий лингвистический гибрид, где редкий корень встретился с русским суффиксом.