Фамилия Клубышева — женская форма фамилии Клубышев, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён или названий профессий, здесь основа «клуб-» заставляет задуматься о редком прозвище или диалектном слове.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев присоединён к основе «Клубыш». В русских фамилиях суффикс -ев пишется после мягких согласных и шипящих (ср. «Кубышев» от «кубыш»), что указывает на основу, оканчивающуюся на шипящий звук. Сама основа «Клубыш» — это, скорее всего, прозвище. В говорах русского языка «клубыш» (или «клубош») могло означать нечто круглое, сбитое в комок: клубок ниток, узел, свёрток. Такое прозвище могли дать человеку плотного, коренастого телосложения или тому, кто постоянно носил с собой узел, мешок. Есть и вторая версия: в некоторых регионах «клубышом» называли гриб-дождевик, круглый и плотный, — тогда прозвище могло быть ироничным или описательным.

Менее вероятна связь с растением «клубника»: корень «клуб-» в этом слове тот же (от «клуб» — шар), но суффикс -ыш указывает на уменьшительную или пренебрежительную форму, что нехарактерно для названия ягоды. Также не стоит путать с фамилией Клубышев, которая могла возникнуть от топонима Клубышево — такие деревни встречались в центральной России, но их названия, в свою очередь, восходят к тому же прозвищу или родовому имени.

Географически фамилия Клубышев (и Клубышева) встречается рассеянно, без ярко выраженного ареала, что типично для прозвищных фамилий, а не для «географических» на -ский. Сословно носители могли быть крестьянами или мещанами — прозвище «Клубыш» не указывает на знатное происхождение. Таким образом, предки современной Клубышевой, скорее всего, получили фамилию по уличному прозвищу, которое закрепилось за родоначальником из-за его внешности или привычки.